Pisa e Genova dovettero lottare per liberare di nuovo la Sardegna ; nacque così il dissidio fra le due città marinare a causa della spartizione dell'isola.
Nel 1050 Musetto riconquistò la Sardegna e si incoronò re; Papa Leone IX chiese di nuovo l'aiuto dei Pisani che fecero rotta verso l'isola ma i venti li spinsero verso la Corsica; i Pisani furono accolti bene e vi impiantarono le insegne del proprio dominio mentre Musetto si diede alla fuga e lasciò di nuovo la Sardegna ai Pisani nel 1052.
Nel 1063 i Pisani conquistarono Palermo sotto il comando del Conte Giovanni Orlandi e ciò procurò loro molte ricchezze.
Nel 1066 ebbe inizio la guerra marinara fra Genova e Pisa. I Genovesi offesi per le troppe conquiste pisane in Corsica e in Sardegna incominciarono a dare guerra ai navigli pisani. Poichè bande corsare scorazzavano sempre lungo le coste tirreniche, il Papa Vittore III invitò le due Repubbliche marinare a combattere insieme contro questi nemici.
Le due città si unirono e vinsero definitivamente i nemici.
Nell'anno 1089 Papa Urbano II concesse ai Pisani ed al loro Vescovo l'isola della Corsica ed innalzò il Vescovado di Pisa ad Arcivescovado.
Nel 1099 i Pisani parteciparono largamente alla Guerra Santa compiendo notevoli atti di valore.
Altre conquiste sia pisane che genovesi seguirono e le due città acquistarono sempre più potenza e ricchezza.
Furono così riconquistate le coste della Siria e le isole Baleari.
Nel 1135 Pisa si impadronì di Amalfi mentre con i Genovesi strinse una lega che durò 19 anni e che sancì la pace fra le due Repubbliche.
Nel 1161 l'imperatore Federico Barbarossa discese in Italia e distrusse ogni città che si ribellava. Riconobbe però la potenza marinara di Pisa con la quale si alleò.
