bandiere 4 repubbliche marinareLe lotte tra Pisa e Genova si riaccesero e Federico Barbarossa pensò di dividere la Sardegna fra le due città  ma ciò fu causa di lotte più tremende negli anni successivi.
Nel 1217 Papa Onorio III riuscì a convincere le Repubbliche marinare di Venezia, Genova e Pisa a mantenere la pace fra loro per contribuire alla Guerra Santa.
In questo periodo le città  italiane si divisero in Gulefi e Ghibellini: Guelfi erano coloro che parteggiavano per il Papa, Ghibellini quelli che parteggiavano per il re.
Pisa fu Ghibellina, Genova fu Guelfa.

Il Papa riuscirà ad avere dalla sua parte le città  sarde e ciò provocò furiose battaglie tra Pisani e Genovesi.
Il Pontefice scomunicò i Pisani, tolse loro il dominio della Sardegna e li privò della loro dignità  arcivescovile.
Le lotte tra Guelfi e Ghibellini durarono vari anni e anche le lotte tra Genova e Pisa si fecero sempre più cruente fino ad arrivare alla famosa battaglia della Meloria del 6 agosto 1284 alla quale i Pisani e i Genovesi si erano preparati con cura.

La flotta pisana era comandata dal Morosini aiutato dal Conte Ugolino e dal Saracino mentre la flotta genovese era comandata da Umberto Doria. I Pisani furono sconfitti tremendamente ed ebbero 28 galee catturate, 7 calate a fondo, 5000 morti e 110000 prigionieri.
Anche Genova vittoriosa riportò danni e perdite ingenti. Le città  guelfe toscane si unirono poi per distruggere definitivamente la città  ghibellina Pisa.
Il Conte Ugolino nominato dittatore di Pisa fece un patto con i fiorentini cedendo loro alcuni territori.

I Pisani irati con il Conte Ugolino lo fecero rinchiudere con i figli e i nipoti nella torre Gualandi dove lo fecero morire di fame.
La sconfitta della Meloria chiuse il ciclo delle glorie marinare di Pisa e ne segnò la fine anche dal punto di vista commerciale.
Nel 1300 Pisa fu costretta a cedere ai Genovesi anche la Corsica per avere la pace.

Nei secoli successivi Pisa ebbe momenti di trascuratezza e di lotte continue che diminuirono sempre più la sua autonomia. Essa fu completamente assoggettata a Firenze. Durante il Rinascimento Pisa per importanza veniva dopo Firenze e la famiglia Medici la curò e l'arricchì